Wird der manuelle Bestandsabgleich ausgelöst, werden auch deaktivierte Artikelquellen der ausgewählten Shopverbindung synchronisiert. Das Verhalten ist inkonsistent, da Billbee Quellen deaktiviert die Fehler verursachen. Beim manuellen Bestandsabgleich generieren diese deaktivierten Quellen dann wieder den selben Fehler. Auch gibt es Konstellation in denen eine Shopverbindung aktive und deaktivierte Quellen hat, bei denen die deaktivierten Quellen aber nicht synchronisiert werden dürfen.