Beim automatsichen Versand (über Regeln) wird das in der Versandanbindung hinterlegte Verpackungsgewicht nicht bei der Ermittlung des berechneten Gewichst berücksichtigt - beim manuellen Versand dagegen schon.
Workaround: Den Orders Versandverpackungen mit entsprechenden Gewichten zuweisen. Diese werden beim automatischen Versand berücksichtigt.