Unter Einstellungen/Steuer & Währung eine Option hinzufügen, mit der man festlegen kann, wie die Steuer auf die Versandkosten berechnet werden soll:
A) Versandkosten anteilsmäßig berechnen (default)
B) Versandkosten mit dem höheren Steuersatz der Bestellung berechnen

Zusätzlich könnte man die gleiche Option noch für Shopverbindungen verfügbar machen, um das pro Shop einstellen zu können. - Falls nichts eingestellt ist, würde dann wieder die globale Option genommen werden.